Віддаючи данину поваги класичній грі SHMUP, Project Root кидає гравців на передову лінії повстання, щоб боротися з нескінченною безліччю ворожих літаків, роями ракетних атак, легіонами танків і брати участь у шалених битвах із босами, щоби нанести удар по коренях зловісної корпорації Prometheus. Бойци мають доступ до безлічі поліпшень кораблів, арсеналу ракет, що вибухають, кластерних ракет і гігантських лазерів для посилення оборони.