Отдавая дань уважения классической игре SHMUP, Project Root бросает игроков на передовую линии восстания, чтобы сражаться с бесконечным множеством вражеских самолетов, роями ракетных атак, легионами танков и участвовать в неистовых битвах с боссами, чтобы нанести удар по корням зловещей корпорации Prometheus. Бойцы имеют доступ к множеству улучшений кораблей, арсеналу взрывающихся самонаводящихся ракет, кластерным ракетам и гигантским лазерам для усиления обороны.